Blue Miburo Season 2 tiếp tục kể về hành trình của Nio và các đồng đội trong Shinsengumi giữa bối cảnh chính trị hỗn loạn thời cuối Mạc phủ. Mùa này tập trung vào căng thẳng nội bộ và âm mưu ám sát Serizawa Kamo, dẫn đến một chuỗi biến cố quyết định vận mệnh của Miburo/Shinsengumi trong cuộc chiến giành quyền lực và lý tưởng của riêng họ.