Sau khi **Makoto Naegi** và những người bạn sống sót của mình trốn thoát khỏi Học viện **Hope's Peak**, để đến thế giới bên ngoài, họ sớm gia nhập Tổ chức Tương lai, một tổ chức chuyên chống lại sự tuyệt vọng. Ngay khi tất cả dường như đang ổn, **Naegi** bị bắt và bị xét xử vì tội phản bội do bảo vệ một nhóm Tàn dư của sự tuyệt vọng độc ác.