**Shinji Ikari** bị hôn mê sau cái chết của một người bạn thân. Với việc con trai mình không thể điều khiển robot hình người **Evangelion Unit-01**, **Gendo Ikari** của **NERV** chạy đua với tổ chức bóng tối **SEELE** để xem ai có thể ban hành kế hoạch cuối cùng của họ trước.